Валерий Голубкин занимался теоретическими разработками и имел только третью форму допуска к гостайне (никогда не работал со сведениями под грифом «совершенно секретно» и «особой важности»). Известно, что в 2018 году его начальник Анатолий Губанов привлек профессора к работам по международному проекту HEXAFLY-INT по созданию пассажирского самолета. Следствие утверждало, что в двух отчетах по проекту, которые ЦАГИ был обязан представить партнерам и которые, по указанию Губанова, Голубкин передал коллегам из Нидерландов, содержалась гостайна.