По версии следствия, Федоров и его зам Елена Мялкина с февраля 2022 по июнь 2024 года присвоили более 18 млн рублей, используя незаконную схему денежных поощрений своих сотрудников. Ректора БФУ задержали накануне в его собственном кабинете, где нашли более 600 000 рублей наличными.
С июня 2022 года Федоров находится под персональными санкциями Украины за поддержку войны. Он также числится в списке «разжигателей войны» по версии ФБК.
